一、 省内转考
须省内转考的考生（含试点专业），可直接登入福建自考网考籍系统中办理。
二、 省际间转考
1、本省转外省
考生因工作需要或调动，要求转往省外的，应持准考证、课程合格证及课程合格证复印件向各设区市自考办提出申请。考生如因暂时或短期在省外工作可考虑不必办理转出手续，可将在省外取得的成绩转回，与原档案合并。
各设区市自考办工作人员要认真审验准考证、合格证书，确认无误后，打印“高等教育自学考试转考申请登记表” 交考生带到外省办理手续。
试点专业考生因工作需要或调动，要求转往省外的，应持准考证、课程合格证直接到省自考办考籍科提出申请。考籍科工作人员根据考生提供材料确认无误后，打印“高等教育自学考试转考申请登记表”交考生带到外省办理手续。
根据教育部教考试[2006]3号文件规定：转考考生应当在转入地取得专科不少于5门，本科不少4门的合格成绩，方可在转入地申办毕业手续（户口迁移者、军人或者国家机关事业单位人员工作变动、被普通高等或者中等学校录取者除外）。凡类似以上情况的考生请慎重考虑是否办理转考，以免造成不必要的麻烦。
省自考办根据设区市自考办的转考名单，将考生的考籍档案寄往有关省、市自考办，一般在每年的三、六、九、十二月办理。
2、外省转入本省
从2008年11月份开始，考籍档案从外省转入我省的考生，先登入福建自考网（www.fjzk.com.cn）查核档案是否到达本省，然后持外省转考介绍信或转考申请登记表以及所有课程合格证书或成绩证明,直接到转入的县（市、区）自考办办理转入手续，不必到省自考办办理。
各县（市、区）自考办要认真审验考生提供的材料是否齐全，开具“福建省高等教育自学考试外省转入登记表”给考生做为凭证。
考生在外省已取得的合格课程可顶替该专业相同课程，我省如无相同的专业，考生可考虑转入其它专业。不论是转入相同专业或其它专业，考生均应按我省计划参加考试，不同的课程将作无效处理。
如果转入考生出现专科剩下课程不足5门，本科剩下课程不足4门的情况，根据教育部教考试[2006]3号文件规定，应要求考生写出书面报告，主动放弃若干课程，重新在我省参加考试，以达到要求。